Основным направлением деятельности ЦКП является обеспечение на имеющемся оборудовании проведения комплексных научных экспедиций в Мировом океане и прибрежных акваториях, а также оказание услуг исследователям и научным коллективам как базовой организации, так и иным заинтересованным пользователям.

Направления деятельности ЦКП, соответствующие Приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники в Российской Федерации, утв. Указом Президента РФ от 7 июля 2011 г. № 899:

• Науки о жизни
• Рациональное природопользование

Направления деятельности ЦКП, соответствующие направлениям из Перечня критических технологий Российской Федерации, утв. Указом Президента РФ от 7 июля 2011 г. № 899:

• Технологии мониторинга и прогнозирования состояния окружающей среды, предотвращения и ликвидации ее загрязнения
• Технологии поиска, разведки, разработки месторождений полезных ископаемых и их добычи
• Технологии предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера

ЦКП обеспечивает максимально эффективную загрузку своих исследовательских судов, оснащает их современным научным оборудованием, организует подготовку комплексных научных экспедиций, научно-изыскательских работ, плавучих университетов, экспедиций по поиску затопленных объектов, включая особо опасные объекты в морях России, мониторинг экологического состояния морей России в районах интенсивной хозяйственной деятельности. ЦКП отвечает за ремонт, надлежащее содержание, эксплуатацию и безопасность флота и научного оборудования, квалификацию членов экипажей, транспортное и снабженческое обслуживание судов.